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目前常用的基因分型手段主要是基于NGS的簡(jiǎn)化基因組方法，包括GBS、RAD、ddRAD等，這些簡(jiǎn)化基因組方法都能夠提供開放、無偏差的基因分型，但卻沒有一種技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)針對(duì)靶向基因區(qū)的高效分型——單基因、基因家族、啟動(dòng)子和增強(qiáng)子、基因簇及非編碼基因等都可能含有重要的與表型變異密切相關(guān)的多態(tài)性。因?yàn)閭鹘y(tǒng)的簡(jiǎn)化基因組技術(shù)，由于其以隨機(jī)的方式研究遺傳變異，獲取的信息大部分在這些區(qū)域之外，就導(dǎo)致了有價(jià)值標(biāo)記的檢測(cè)缺失。雖然經(jīng)典的微陣列的方法可以規(guī)避這一缺漏，但卻存在著當(dāng)基因池改變時(shí)會(huì)出現(xiàn)較強(qiáng)的檢測(cè)偏差和較差的可重復(fù)性問題。

目前，大規(guī)模基因分型的困難：

1. 基因芯片：可以測(cè)大量SNP，但很難新增SNP

2. 熒光定量PCR：價(jià)格便宜，但可測(cè)的SNP數(shù)量有限

3. 全基因組測(cè)序：可以測(cè)大量SNP，但費(fèi)用高

4. RAD-Seq/GBS: 無法靶向目標(biāo)區(qū)域

5. 目標(biāo)區(qū)域捕獲：實(shí)驗(yàn)耗時(shí)長(zhǎng)，必須測(cè)通插入片段

6. 擴(kuò)增子測(cè)序：優(yōu)化困難，規(guī)模小，不靈活

SPET靶向基因分型，提供了一種快速、可擴(kuò)展、高效經(jīng)濟(jì)的單引物富集技術(shù)（SPET），基于新一代測(cè)序技術(shù)對(duì)各類生物樣本的特異性靶向區(qū)域SNP進(jìn)行有針對(duì)性的測(cè)序分型。該方法可以通過捕獲每個(gè)靶向測(cè)序序列的SNP特異性數(shù)據(jù)點(diǎn)，提供豐富有效的測(cè)序數(shù)據(jù)，不僅有效獲得靶向區(qū)分型結(jié)果，更可以快速構(gòu)建具有可擴(kuò)展性及低成本單SNP位點(diǎn)檢測(cè)流程。

技術(shù)流程如下：

1. 將基因組酶切打斷，該步驟操作便捷，可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化；

2. 將片段化的基因組接上indexed adaptor ，DimerFree技術(shù)可消除接頭二聚體的形成;

3. 針對(duì)靶向區(qū)域設(shè)計(jì)的探針捕獲目標(biāo)區(qū)域捕獲；

4. 擴(kuò)增后獲得靶向區(qū)域序列文庫，測(cè)序后得到分型結(jié)果。

SPET靶向基因分型通過探針設(shè)計(jì)及“雞尾酒"式的酶切組合進(jìn)行基因組片段化，能夠有效地將SNP控制在測(cè)序讀長(zhǎng)范圍內(nèi)，輔以優(yōu)化過的探針設(shè)計(jì)，確保SNP可通過單端測(cè)序測(cè)序模式檢出。退火位點(diǎn)的設(shè)計(jì)也規(guī)避了已知多態(tài)性位點(diǎn)的位置，以確保擴(kuò)增過程不會(huì)因此而造成偏倚。如果選擇雙端測(cè)序測(cè)序，還可在read 2中獲得新的未知多態(tài)性位點(diǎn)信息，充實(shí)研究結(jié)果。

SPET靶向基因分型的優(yōu)勢(shì)如下：

• 方便在自動(dòng)化工作站上建庫

• 設(shè)計(jì)靈活

• 可擴(kuò)展復(fù)用

• 集成了酶促打斷

• 低起始量（10 – 1100 ng）

• 高檢測(cè)通量（100 – >100,000 SNPs）

• 建庫周期短（<24 h）

截至目前，已有包括人，動(dòng)物，植物在內(nèi)的多個(gè)物種開展了基于SPET技術(shù)的基因分型， SNP在一管內(nèi)的位點(diǎn)達(dá)到了30萬。該技術(shù)特別適合中高通量的基因分型，同時(shí)具備優(yōu)化SNP的靈活特性。